PHYGE team

Integrated physiology and functional genomics of microbial systems

Understand the physiology of microorganisms

The research activity of the team: "Integrative physiology and functional genomics of microbial systems –PHYGE- aims to understand the physiology of microorganisms under environmental constraints by an approach called 'integrative', ie by combining biochemical, molecular and biophysical methods. Three major themes are addressed :

  • Theme "Yeast cell wall" deals with the organization, structure and molecular remodelling of the yeast cell wall.
  • Theme "Biological variability and cellular adaptation" concerns the functional genomic analysis of cellular heterogeneity and its origin, whether metabolic or genetic.
  • Theme entitled "Microbial metabolic refactoring", focused on the redesign and/or reconstruction of metabolic systems in order to optimize the physiological potential of microorganisms for various biotechnological purposes.

Overall, our research activities aim at acquiring scientific knowledge that can be used for more applicative projects in industrial biotechnology or human health. Thus, we are proposing strategies for modifying the structure of the walls of microorganisms, looking for antifungal targets or expressing a suicide molecular system to limit the heterogeneity of the microbial population during production processes and eventually to provide new metabolic functionalities to microbial systems.

illustration équipe PHYGE

Team leaders

Jean Marie FRANCOIS &
Didier ZERBIB

The team's topics

Last news

  • INRAE – Supagro –Montpellier Dr Sylvie Dequin et ..
  • Ecole Supérieur de Physique Chimie (ESPCI) –Paris : Prof Andrew GRIFFITH
  • Laboratoire de Chimie des Polymères Organiques (LCPO) Bordeaux, ; Dr Frederic Peruch
  • Laboratoire de Chimie et Biotechnologies des Produits Naturels (ChemBioPro) ; Ile de la Réunion (Prof Thomas PETIT)
  • Technische Universität Dresden Institut für Naturstofftechnik (Prof Thomas Walther)
  • Graduate School of Science, Technology and Innovation of KOBE University (Dr S. Taguchi)
  •  
  • Ellen DONKER :
    Adaptabilité fonctionnelle et structurale de la protéine Knr4, IDP impliquée dans le maintien de la paroi de S. cerevisiae
  • Thibautt MALFOY : Etudes de l’assimilation du synthon 2,4-dihydroxybutyrate par Escherichia coli et construction d’une voie synthétique pour son utilisation comme monomère dans la synthèse de polymère innovant

Thèses récentes

DESHORS Marine (2014 – 2017) – Titre: Conception de cocktails enzymatiques optimum pour la déconstruction et dégradation de matières organiques végétales par le développement et l’utilisation d’une métrologie physique in-situ et biochimique ex-situ

LACHAUX Cléa (2015 – 2018) – Titre: Remaniement du métabolisme carboné central microbien pour une assimilation des sucres en C5 et C6 avec conservation optimale du carbone.

FRAZAO Ramados Claudio (2016 – 2018) – Titre: Refactoring metabolic pathway for synthon production from renewable carbon sources

TAN Melissa (Oct 2017 –Dec 2020) – Titre : Valorisation alimentaires des levures endémique de la zone Océan Indien

ARABYCIAN Sevan (Oct 2017 – Janv 2021) – Titre: Variabilité de croissance de cellule à cellule : comprendre les bases moléculaires

BOUYX Clara (2018 – 2021) – Titre: Etude de la protéine Flo11 et de son implication dans les propriétés technologiques des levures oenologiques