Equipe PHYGE

Physiologie intégrée et génomique fonctionnelle des systèmes microbiens et des champignons filamenteux

Comprendre la physiologie des microorganismes

L’activité de recherche de l’équipe PHYGE vise à comprendre la physiologie des microorganismes sous contraintes environnementales par une approche dite “intégrative”, c’est-à-dire en combinant des méthodes biochimiques, moléculaires et biophysiques. Trois thèmes majeurs sont abordés :

  • Le thème “Paroi cellulaire de la levure” traite de l’organisation, de la structure et du remodelage moléculaire de la paroi cellulaire de la levure.
  • Le thème “Variabilité biologique et adaptation cellulaire” concerne l’analyse génomique fonctionnelle de l’hétérogénéité cellulaire et de son origine, qu’elle soit métabolique ou génétique.
  • Le thème “Remodelage du métabolisme microbien”, se concentre sur la conception et/ou la reconstruction des systèmes métaboliques afin d’optimiser le potentiel physiologique des micro-organismes à des fins biotechnologiques diverses.

Dans l’ensemble, les activités de recherche visent à acquérir des connaissances scientifiques qui peuvent être utilisées pour des projets plus applicatifs en biotechnologie industrielle ou en santé humaine. Ainsi, nous proposons des stratégies pour modifier la structure des parois des microorganismes, rechercher des cibles antifongiques ou exprimer un système moléculaire suicide pour limiter l’hétérogénéité de la population microbienne pendant les processus de production, ainsi que de proposer de nouvelles fonctionnalités métaboliques aux systèmes microbiens.

illustration équipe PHYGE

Responsables de l'équipe

Jean Marie FRANCOIS &
Didier ZERBIB

Les thèmes de l'équipe

Dernières actualités

  • INRAE – Supagro –Montpellier Dr Sylvie Dequin et ..
  • Ecole Supérieur de Physique Chimie (ESPCI) –Paris : Prof Andrew GRIFFITH
  • Laboratoire de Chimie des Polymères Organiques (LCPO) Bordeaux, ; Dr Frederic Peruch
  • Laboratoire de Chimie et Biotechnologies des Produits Naturels (ChemBioPro) ; Ile de la Réunion (Prof Thomas PETIT)
  • Technische Universität Dresden Institut für Naturstofftechnik (Prof Thomas Walther)
  • Graduate School of Science, Technology and Innovation of KOBE University (Dr S. Taguchi)
  •  
  • Ellen DONKER :
    Adaptabilité fonctionnelle et structurale de la protéine Knr4, IDP impliquée dans le maintien de la paroi de S. cerevisiae
  • Thibautt MALFOY : Etudes de l’assimilation du synthon 2,4-dihydroxybutyrate par Escherichia coli et construction d’une voie synthétique pour son utilisation comme monomère dans la synthèse de polymère innovant

Thèses récentes

DESHORS Marine (2014 – 2017) – Titre: Conception de cocktails enzymatiques optimum pour la déconstruction et dégradation de matières organiques végétales par le développement et l’utilisation d’une métrologie physique in-situ et biochimique ex-situ

LACHAUX Cléa (2015 – 2018) – Titre: Remaniement du métabolisme carboné central microbien pour une assimilation des sucres en C5 et C6 avec conservation optimale du carbone.

FRAZAO Ramados Claudio (2016 – 2018) – Titre: Refactoring metabolic pathway for synthon production from renewable carbon sources

TAN Melissa (Oct 2017 –Dec 2020) – Titre : Valorisation alimentaires des levures endémique de la zone Océan Indien

ARABYCIAN Sevan (Oct 2017 – Janv 2021) – Titre: Variabilité de croissance de cellule à cellule : comprendre les bases moléculaires

BOUYX Clara (2018 – 2021) – Titre: Etude de la protéine Flo11 et de son implication dans les propriétés technologiques des levures oenologiques