Plateforme GeT-Biopuces

Nous savons que vos échantillons sont précieux, il est possible de faire des contrôles qualité sur de petites quantités (50pg/µL minimun) et de petits volumes d’échantillons (1,5µL minimum). Nous réalisons le dosage quantitatif et qualitatif acides nucléiques ADN, ARN, ADN simple brin, le dosage de protéines, le dosage d’ADN marqués en fluorescence.

Nous vous conseillons pour l’interprétation de vos résultats

Le nanodrop ND2000 est ouvert à l’utilisation au personnel de TBI en autonomie après formation. Il est réservable à l’adresse : https://get-biopuces.insa-toulouse.fr/booking/login.php

Pour vérifier l’intégrité de vos ADNs et ARNs, nous pouvons réaliser pour vous des dosages sur le Bioanalyzer (Agilent) ou le Qubit (Thermofisher).

N’hésitez pas à nous contacter pour plus d’informations : contactez nous

Nous vous proposons de réaliser vos études transcriptomiques à l’aide des puces à ADN (Agilent ou Affymetrix). Nous vous conseillons sur la mise en place du plan expérimental (nombre de réplicats, méthode d’extraction, …etc). Puis, nous réalisons les étapes de marquage, hybridation, lavage et scan des puces.

L’analyse de données est faite par le personnel de la plateforme.

Appareils de la plateforme:

• Robot de dépôt : Qarray mini Genetix
• GeneAmp PCR system 9700 Applied Biosystem
• Four à hybrider Agilent
• Scanner MS200 Tecan
• Scanner 900 Innopsys
• Four à hybrider Affymetrix
• Station de lavage affymetrix Fluidics Station 450
• Genechip Scanner Affymetrix

Nous proposons les outils nécessaires au séquençage ADN et ARN. Nous vous conseillons sur la mise en place du plan expérimental (nombre de réplicats, méthode d’extraction, …etc)        

Nous pouvons prendre en charge la ribodéplétion de vos ARNs ou la sélection des ARNs polyA si cela est nécessaire.

Nous préparons tout type de librairies (Thermofisher, Illumina, Oxford Nanopore) à partir d’ADN, ARN ou de produits PCR.

Le séquençage est ensuite effectué sur la machine la plus adaptée :

• Ion GeneStudio S5 system (ThermoFisher) pour les petits génomes (bactéries, levures, fragments PCR, métagénomique 16S, 18S, ITS) en single-reads (100bp, 200bp et 400bp)
• MiSeq (Illumina) pour la métagénomique, en paired-end 2X250bp
• MinION (Oxford Nanopore) pour le séquençage ADN longs fragments de petits organismes (bactéries, levures, algues), en single reads 8-10kb
• Accès aux séquenceurs Illumina NovaSeq et NextSeq en partenariat avec d’autres sites en paired-end 2X150bp, 2X75bp

Nous vous accompagnons également dans l’analyse de vos données.

Parmi les applications disponibles, nous proposons:

• Séquençage De novo
• Re-séquençage
• Ampliseq (séquençage de fragments PCR)
• Séquençage de fosmides
• RNAseq
• Métagénomique V1-2, V3-4 ou toutes les régions variables (Illumina Miseq, Ion Torrent S5)

Nous sommes également ambassadeur microbiologie au sein de GeT : contactez nous pour vos projets

L’analyse des données est l’une des parties les plus fastidieuses dans un projet. Grâce à son équipe pluridisciplinaire, la plateforme vous propose un accompagnement personnalisé ainsi que des solutions adaptées à vos projets qu’ils soient en transcriptomique (expression différentielle, enrichissement fonctionnel, single cell) ou en génomique (analyse de variants, assemblage de fosmides, analyses métagénomiques ciblée avec rANOMALY)

Les données peuvent provenir :

• d’une prestation en service de la plateforme
• d’une prestation d’une autre plateforme
• d’un projet de collaboration

Nous proposons également des formations pour des sociétés ou personnels désireux de s’initier à l’analyse bio-informatique des données : contactez nous