Plateforme GeT-Biopuces

La Plateforme GeT-Biopuces

Génomique et Transcriptomique : séquençage et microarrays

Créée en 1999 et actuellement dirigée par Marie Ange Teste, la Plateforme GeT-Biopuces est l’une des premières plateformes de la Génopôle Toulouse Midi Pyrénées.

La plateforme GeT-Biopuces a une activité de prestation de services et/ou collaboration (R&D) dans le domaine de la transcriptomique et de la génomique. Elle met à disposition son expertise et possède les outils adéquats pour le séquençage, l’étude sur microarrays et l’analyse des données bioinformatiques et statistiques. Grâce au savoir-faire de son équipe pluridisciplinaire, nous vous accompagnons tout au long de la réalisation de vos projets depuis leur conception jusqu’à la mise à disposition des données brutes ou traitées.

La plateforme de service GeT-Biopuces est associée à trois autres sites toulousains dans le cadre de la plateforme multisites GeT. Nous vous apportons ainsi l’une des offres les plus complètes de France dans le domaine de la génomique et de la transcriptomique.

Compétences & Prestations

Contrôle qualité
Microarrays
(Affymetrix et Agilent)
Séquençage
Analyse de données
Précédent
Suivant

Expertises

Nous savons que vos échantillons sont précieux, il est possible de faire des contrôles qualité sur de petites quantités (50pg/µL minimun) et de petits volumes d’échantillons (1,5µL minimum). Nous réalisons le dosage quantitatif et qualitatif acides nucléiques ADN, ARN, ADN simple brin, le dosage de protéines, le dosage d’ADN marqués en fluorescence.

Nous vous conseillons pour l’interprétation de vos résultats

Le nanodrop ND2000 est ouvert à l’utilisation au personnel de TBI en autonomie après formation. Il est réservable à l’adresse : https://get-biopuces.insa-toulouse.fr/booking/login.php

Pour vérifier l’intégrité de vos ADNs et ARNs, nous pouvons réaliser pour vous des dosages sur le Bioanalyzer (Agilent) ou le Qubit (Thermofisher).

N’hésitez pas à nous contacter pour plus d’informations : contactez nous

Nous vous proposons de réaliser vos études transcriptomiques à l’aide des puces à ADN (Agilent ou Affymetrix). Nous vous conseillons sur la mise en place du plan expérimental (nombre de réplicats, méthode d’extraction, …etc). Puis, nous réalisons les étapes de marquage, hybridation, lavage et scan des puces.

L’analyse de données est faite par le personnel de la plateforme.

Appareils de la plateforme:

  • Robot de dépôt : Qarray mini Genetix
  • GeneAmp PCR system 9700 Applied Biosystem
  • Four à hybrider Agilent
  • Scanner MS200 Tecan
  • Scanner 900 Innopsys
  • Four à hybrider Affymetrix
  • Station de lavage affymetrix Fluidics Station 450
  • Genechip Scanner Affymetrix

Nous proposons les outils nécessaires au séquençage ADN et ARN. Nous vous conseillons sur la mise en place du plan expérimental (nombre de réplicats, méthode d’extraction, …etc)        

Nous pouvons prendre en charge la ribodéplétion de vos ARNs ou la sélection des ARNs polyA si cela est nécessaire.

Nous préparons tout type de librairies (Thermofisher, Illumina, Oxford Nanopore) à partir d’ADN, ARN ou de produits PCR.

Le séquençage est ensuite effectué sur la machine la plus adaptée :

  • Ion GeneStudio S5 system (ThermoFisher) pour les petits génomes (bactéries, levures, fragments PCR, métagénomique 16S, 18S, ITS) en single-reads (100bp, 200bp et 400bp)
  • MiSeq (Illumina) pour la métagénomique, en paired-end 2X250bp
  • MinION (Oxford Nanopore) pour le séquençage ADN longs fragments de petits organismes (bactéries, levures, algues), en single reads 8-10kb
  • Accès aux séquenceurs Illumina NovaSeq et NextSeq en partenariat avec d’autres sites en paired-end 2X150bp, 2X75bp

Nous vous accompagnons également dans l’analyse de vos données.

Parmi les applications disponibles, nous proposons:

  • Séquençage De novo
  • Re-séquençage
  • Ampliseq (séquençage de fragments PCR)
  • Séquençage de fosmides
  • RNAseq
  • Métagénomique V1-2, V3-4 ou toutes les régions variables (Illumina Miseq, Ion Torrent S5)

Nous sommes également ambassadeur microbiologie au sein de GeT : contactez nous pour vos projets

L’analyse des données est l’une des parties les plus fastidieuses dans un projet. Grâce à son équipe pluridisciplinaire, la plateforme vous propose un accompagnement personnalisé ainsi que des solutions adaptées à vos projets qu’ils soient en transcriptomique (expression différentielle, enrichissement fonctionnel, single cell) ou en génomique (analyse de variants, assemblage de fosmides, analyses métagénomiques ciblée avec rANOMALY)

Les données peuvent provenir :

  • d’une prestation en service de la plateforme
  • d’une prestation d’une autre plateforme
  • d’un projet de collaboration

Nous proposons également des formations pour des sociétés ou personnels désireux de s’initier à l’analyse bio-informatique des données : contactez nous

Offre de prestation

  • Nous nous engageons à répondre rapidement à vos demandes et à réaliser vos expériences dans le respect des délais.
  • Toutes nos prestations peuvent être réalisées de façon indépendante et vous êtes informés en temps réel de l’évolution de votre projet.
  • Nos équipements sont suivis, contrôlés et calibrés régulièrement.
  • Les résultats sont mis à disposition sur le site web de la plateforme par le biais d’un lien sécurisé.

Certification

La plateforme est certifiée ISO 9001:2015 et NFX50-900:2016

microarray

La plateforme GeT-Biopuces, membre des réseaux

La plateforme fait partie du réseau GénoToul, réseau toulousain des plateformes de recherche en sciences du vivant (biologie fondamentale, agronomie, environnement, santé) impliquées dans la recherche, le développement technologique et l’innovation. Elle est également membre du réseau IBISA qui labellise et soutient les infrastructures en biologie, santé et agronomie. La plateforme est membre des infrastructures nationale IBISBA Fr et européenne IBISBA Eu, et partenaire de l’infrastructure nationale France Génomique.

De nombreux partenaires académiques (INRA, CNRS, INSERM, IFREMER…) et privés nous ont fait confiance pour collaborer sur des projets de recherche fondamentale ou appliquée dans des domaines variés tels que la microbiologie, les biotechnologies, l’agroalimentaire, la santé et l’environnement.

Invivogen, Lallemand, Université de Beyrouth, CNRS, INRAE ; INSERM ; Museum d’Histoire Naturelle, AgroParisTech, IRD, Virbac, Laboratoire des Pyrénées, Evotec ; IUT d’Auch ; Université de la réunion ; Université d’Avignon ; Université de  La Sorbonne, Université Clermont Auvergne

Projets 3BCar : HTomics, FullForBest,

projet FLOR4G, DNA-HiC