Equipe CIMEs

Ingénierie moléculaire de la catalyse et des enzymes

Catalyse et Ingénierie Moléculaire Enzymatiques

L’objectif de nos recherches est d’identifier ou de concevoir de nouvelles enzymes performantes, qu’il s’agisse de comprendre leur rôle dans les organismes naturels, ou de les exploiter pour des procédés biotechnologiques durables, notamment au service de la santé et de l’environnement. 

Nos questions scientifiques portent, de façon centrale, sur les mécanismes catalytiques et les relations entre séquence, structure, dynamique, spécificité, efficacité et stabilité des protéines et assemblages multi-protéiques cibles, ainsi que sur les interactions enzymes-polymères et l’optimisation des procédés enzymatiques, in vitro et in cellulo.

Pour adresser ces questions, nous mutualisons nos expertises et nos équipements pour développer, adapter à nos objets d’étude et intégrer, autant que possible, biologie computationnelle et structurale, ingénierie des protéines, criblage à haut-débit, et ingénierie de la réaction. 

Notre expertise porte majoritairement sur les enzymes actives sur les glycosides, les polymères plastiques et les lipides. Nos approches étant génériques, elles sont aussi appliquées à d’autres familles d’enzymes et protéines non-catalytiques. Notre équipe est structurée autour de trois axes thématiques, et est enrichie par de nombreux projets transversaux inter-axes, ainsi que par des collaborations privilégiées avec les entreprises Carbios et SweeTech hébergées au TBI. L’équipe CIMEs bénéficie aussi de l’expertise et des équipements de la plateforme PICT-ICEO.

Responsable de l'équipe

Gabrielle POTOCKI-VERONESE

Gabrielle POTOCKI-VERONESE

Composition de l'équipe
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Production scientifique
EnzyOne
SysCarb
PixCELLS

Les axes de l'équipe

Dernières actualités

Partenaires académiques  

AFMB Marseille, BBF Marseille, IPBS Toulouse, IMRCP Toulouse, CEA Genoscope Evry, IPREM Pau, CERMAV Grenoble, TOXALIM Toulouse, IRSD Toulouse, INRAE MIAT Toulouse, LISM Marseille, TIMC Grenoble, Genethon, DSIMB Université Paris, LBM Bordeaux, MICALIS Jouy-en-Josas  

 

University of Cambridge UK, ICREA Université de Barcelone Espagne, University of Alicante Espagne, IQS University Ramon Llull Barcelone Espagne, IQAC-CSIC Barcelona Espagne, CNRS@CREATE A*star- Singapore Institute of Food and Biotechnology Innovation National National University of Singapore, Singapore University of Groningen, Groningen, Netherlands, University of Toronto, Canada & Aalto University, Espoo Finland, NREL USA, University of Padoue Italy, ETH  Zürich Swiss.

 

Partenaires privés 

Carbios, Sweetech, Resicare, Gene&GreenTK, Servier, Greentech, Sanofi, Roquette, Clarins 

  • Maxime ARTICO (2020-2023) – Surfaces polymères à Activité Enzymatique modulable. 
  • Elodie BASCANS (2020-2023) – Assemblages de biopolymères et glycosylation de composés d’origine marine selon une approche biomimétique. 
  • Younes BOUCHIBA (2019 – 2023) – Considérer la flexibilité dans le design de protéines en combinant modélisation moléculaire et intelligence artificielle. 
  • Nina COOPER (2022-2025) – Etude de la dynamique d’enzymes de synthèse et de fonctionnalisation de biopolymères.  
  • Marianne DEFRESNE (2020-2023) – Design Computationnel de protéines par raisonnement automatique et apprentissage profond.  
  • Vincent DULAU (2023-2026) – Développement de voies enzymatiques pour la glycosylation à façon d’actifs d’origine végétale à partir de saccharose.  
  • Ahmed KHAMASSI (2019-2023) – Caractérisation structure-fonction et ingénierie d’enzymes impliquées dans la dégradation des polysaccharides. 
  • Romain LAUNAY (2020-2023) – Caractérisation et compréhension fonctionnelle d’assemblages protéiques. 
  • Jérémy LE REUN (2022-2025) – Ingénieries enzymatique et microbienne pour la production de lipides à façon.  
  • Xiaoqian LI (2020-2024) – Ingénierie de transporteurs d’oligosaccharides.  
  • Iker PARDO-LARABEITI (2022-2025) – Contrôle de la proximité spatiale pour des cascades enzymatiques innovantes afin d’améliorer la déconstruction de la biomasse. 
  • Agata RACZYNSKA (2020-2024) – Dégradation de polymères synthétiques par voies enzymatiques. 
  • Maxant VIVIER (2022-2025) – Production d’oligosaccharides in cellulo pour la santé humaine. 
  • FNR16 -2020 – RADICALZ (2021-2025): Rapid discovery and development of enzymes for novel and greener consumer products 
  • Horizon BLUETOOLS (2023-2027): Innovative tools for sustainable exploration of marine microbiomes: towards a circular blue bioeconomy and healthier marine environments 
  • ADEME OPTI-ZYME (2023-2027) & Private contracts (2022-2023) : Enzymes for the recycling and biosynthesis of plastic polymers 
  • ADEME Bioimpulse (2019-2025): Bio-sourced production of a molecule for the development of non-toxic adhesives and resins 
  • PEPR B-BEST Projet 2.1 Nanonmachines (2023-2028): Multi-enzymatic Nanomachines for the controlled transformation of terrestrial plant biomass 
  • ANR CONCERTO (2022-2025): Controlled spatial proximity for innovating enzymatic cascades to enhance biomass deconstruction 
  • ANR LABEL (2023-2026) : Conception d’assemblages moléculaires pour évaluer le rôle de la glycosylation sur l’activité d’hémicellulases 
  • ANR CAZIBD (2021-2024) : Mucus-degrading enzymes and their role in intestinal inflammation 
  • ANR GRAFTING (2019-2023) : Green Routes for the Functionalization of alpha-Glucans 
  • ANR ANDES (2023 – 2026) : Artificial Intelligence-based methods for the design of nanobodies 
  • ANR PRCE BACTSQUEEZ (2022-2026) : Bacterial signal quenching of plant pathogens with engineered enzymes 
  • ANR PRC DEEPEN (2020-2024) : Molecular and evolutionary principles governing enzyme regioselectivity 
  • TWB Precompetitive DIVA (2022-2024): Development of various green routes for the functionalization of alpha-glucans 
  • Collaborative Project (France/ Spain) (2022-2024) : QM/MM investigation of enzymes involved in plant lipid production 
  • IntraCREATE EcoCTs (France/Singapore) (2020-2024)- Engineering biology for a circular bioeconomy – Towards urban sustainability