GeT-Biochips platform

We know that your samples are precious, it is possible to make quality controls on small quantities (50pg/µL minimum) and small volumes of samples (1,5µL minimum). We perform quantitative and qualitative nucleic acid assays for DNA, RNA, single stranded DNA, protein assays, fluorescently labeled DNA assays.

We advise you on the interpretation of your results.

The ND2000 nanodrop is available for use by TBI staff in autonomy after training. It can be booked at the address : https://get-biopuces.insa-toulouse.fr/booking/login.php

Pour vérifier l’intégrité de vos ADNs et ARNs, nous pouvons réaliser pour vous des dosages sur le Bioanalyzer (Agilent), le Qubit 2,0 (thermofisher) ou le Spectrostar Nano (BMG Labtech, spectrophotomètre pour plaques 96).

Do not hesitate to contact us for more information: contact us.

Nous vous proposons de réaliser vos études transcriptomiques à l’aide des puces à ADN (Agilent). Nous vous conseillons sur la mise en place du plan expérimental (nombre de réplicats, méthode d’extraction, …etc). Puis, nous réalisons les étapes de marquage, hybridation, lavage et scan des puces.

Data analysis is done by the platform staff.

Platform equipment:

• Deposit robot: Qarray mini Genetix
• Agilent hybridization oven
• Scanner 900 Innopsys

We offer the necessary tools for DNA and RNA sequencing. We advise you on the implementation of the experimental plan (number of replicates, extraction method, ...etc)

We can handle the ribodepletion of your RNAs or the selection of polyA RNAs if required.

Nous préparons tout type de librairies (Thermofisher, Illumina, Oxford Nanopore, MGI) à partir d’ADN, ARN ou de produits PCR.

The sequencing is then performed on the most suitable machine:

• G99 (MGI) pour les petits et moyens génomes (bactéries, levures, algues, métagénomique), en paired-end 2x50bp, 2x150bp, 2x300bp, single-end 100bp
• Ion GeneStudio S5 system (ThermoFisher) pour les petits génomes (bactéries, levures, fragments PCR, métagénomique 16S, 18S, ITS) en single-reads (100bp, 200bp et 400bp)
• MiSeq (Illumina) pour la métagénomique, en paired-end 2×250 bp et 2x300bp
• MinION (Oxford Nanopore) for long fragment DNA sequencing of small organisms (bacteria, yeast, algae), in single reads 8-10kb
• En partenariat avec d’autres plateformes, nous avons accès aux séquenceurs Illumina NovaSeq X Plus, MiSeq i100 + et Iseq100; Element Biosciences AVITI.

We also support you in the analysis of your data.

Among the available applications, we propose:

• De novo sequencing
• Re-sequencing
• Ampliseq (PCR fragment sequencing)
• Sequencing of fosmids
• RNAseq
• Metagenomics V1-2, V3-4 or all variable regions (Illumina Miseq, Ion Torrent S5)

We are also a microbiology ambassador within GeT : contact us for your projects

Souvent négligée, l’analyse de données est une étape importante du projet. Grâce à son équipe pluridisciplinaire, la plateforme vous propose un accompagnement personnalisé ainsi que des solutions adaptées à vos projets qu’ils soient en transcriptomique (expression différentielle, enrichissement fonctionnel, analyse sur cellules uniques, transcriptomique spatiale) ou en génomique (analyse de variants de type SNP ou INDEL; assemblage de génomes entiers, de fosmides ou de plasmides; analyse de métagénomique ciblée avec rANOMALY)

Les données peuvent provenir :

• d’une prestation en service de la plateforme
• d’une prestation d’une autre plateforme
• d’un projet de collaboration

Nous proposons également des formations pour des sociétés ou personnels désireux de s’initier à l’analyse bio-informatique des données : contact us.

La plateforme vous accompagne dans la mise en place de vos projets de qPCR et de PCR digitale. Elle met à disposition deux appareils:

• GeneAmp PCR system 9700 (Applied Biosystem) pour la qPCR
• Qiacuity One (Qiagen) pour la PCR digitale

Parmi les applications:

• Evaluation du nombre de copies (CNV)
• Détection microbienne
• Expression génique