Equipe CIMEs
Ingénierie moléculaire de la catalyse et des enzymes
Catalyse et Ingénierie Moléculaire Enzymatiques
L’objectif de nos recherches est d’identifier ou de concevoir de nouvelles enzymes performantes, qu’il s’agisse de comprendre leur rôle dans les organismes naturels, ou de les exploiter pour des procédés biotechnologiques durables, notamment au service de la santé et de l’environnement.
Nos questions scientifiques portent, de façon centrale, sur les mécanismes catalytiques et les relations entre séquence, structure, dynamique, spécificité, efficacité et stabilité des protéines et assemblages multi-protéiques cibles, ainsi que sur les interactions enzymes-polymères et l’optimisation des procédés enzymatiques, in vitro et in cellulo.
Pour adresser ces questions, nous mutualisons nos expertises et nos équipements pour développer, adapter à nos objets d’étude et intégrer, autant que possible, biologie computationnelle et structurale, ingénierie des protéines, criblage à haut-débit, et ingénierie de la réaction.
Notre expertise porte majoritairement sur les enzymes actives sur les glycosides, les polymères plastiques et les lipides. Nos approches étant génériques, elles sont aussi appliquées à d’autres familles d’enzymes et protéines non-catalytiques. Notre équipe est structurée autour de trois axes thématiques, et est enrichie par de nombreux projets transversaux inter-axes, ainsi que par des collaborations privilégiées avec les entreprises Carbios et SweeTech hébergées au TBI. L’équipe CIMEs bénéficie aussi de l’expertise et des équipements de la plateforme PICT-ICEO.
Responsable de l'équipe
Les axes de l'équipe
Partenaires académiques
AFMB Marseille, BBF Marseille, IPBS Toulouse, IMRCP Toulouse, CEA Genoscope Evry, IPREM Pau, CERMAV Grenoble, CRPP Bordeaux, TOXALIM Toulouse, IRSD Toulouse, INRAE MIAT Toulouse, LISM Marseille, TIMC Grenoble, Genethon, DSIMB Université Paris, LBM Bordeaux, MICALIS Jouy-en-Josas, VIM Jouy-en-Josas
University of Cambridge UK, ICREA Université de Barcelone Espagne, University of Alicante Espagne, IQS University Ramon Llull Barcelone Espagne, IQAC-CSIC Barcelona Espagne, CNRS@CREATE A*star- Singapore Institute of Food and Biotechnology Innovation National National University of Singapore, Singapore University of Groningen, Groningen, Netherlands, University of Toronto, Canada & Aalto University, Espoo Finland, NREL USA, University of Padoue Italy, ETH Zürich Swiss.
Partenaires privés
Carbios, Sweetech, Resicare, Gene&GreenTK, Servier, Greentech, Sanofi, Roquette, Saint-Gobin, Naturamole
- Bessam AZIZI (2024-2027) – IA générative pour l’exploration conformationnelle et le design d’enzymes
- Nina COOPER (2022-2025) – Etude de la dynamique d’enzymes de synthèse et de fonctionnalisation de biopolymères.
- Vincent DULAU (2023-2026) – Développement de voies enzymatiques pour la glycosylation à façon d’actifs d’origine végétale à partir de saccharose.
- Jérémy LE REUN (2022-2025) – Ingénieries enzymatique et microbienne pour la production de lipides à façon.
- Iker PARDO-LARABEITI (2022-2025) – Contrôle de la proximité spatiale pour des cascades enzymatiques innovantes afin d’améliorer la déconstruction de la biomasse.
- Horizon BLUETOOLS (2023-2027): Innovative tools for sustainable exploration of marine microbiomes: towards a circular blue bioeconomy and healthier marine environments
- ADEME OPTI-ZYME (2023-2027) & Private contracts (2022-2023) : Enzymes for the recycling and biosynthesis of plastic polymers
- ADEME Bioimpulse (2019-2025): Bio-sourced production of a molecule for the development of non-toxic adhesives and resins
- ADEME Calipso (2024-2028): Nouvelles voies de production continues d’esters aromatiques par des lipases optimisées
- EXPLORAE TRANSFORMATION Nanobiocat (2025-2029): L’IA pour concevoir de novo des nano-liants catalytiques
- HEALTH IPCEI, Nectars (2025-2029): Nouveau traitement enzymatique de l’ARNm pour une stabilité accrue
- PEPR B-BEST Projet 2.1 Nanonmachines (2023-2028): Multi-enzymatic Nanomachines for the controlled transformation of terrestrial plant biomass
- ANR CONCERTO (2022-2025): Controlled spatial proximity for innovating enzymatic cascades to enhance biomass deconstruction
- ANR LABEL (2023-2026) : Conception d’assemblages moléculaires pour évaluer le rôle de la glycosylation sur l’activité d’hémicellulases
- ANR PRC ANDES (2023 – 2026): Artificial Intelligence-based methods for the design of nanobodies
- ANR PRCE BACTSQUEEZ (2022-2026): Bacterial signal quenching of plant pathogens with engineered enzymes
- ANR PRC DEEPEN (2020-2025): Molecular and evolutionary principles governing enzyme regioselectivity
- ANR EPPIC (2024-2028): Éco-innovation pour la production de polymères à partir de sous-produits du sucre ou de CO2
- Collaborative Project (France/ Spain) (2022-2024): QM/MM investigation of enzymes involved in plant lipid production
- IntraCREATE EcoCTs (France/Singapore) (2020-2024)- Engineering biology for a circular bioeconomy – Towards urban sustainability